En la Finca Juan Martín, hay dos temporadas de cosecha por año, la principal ocurre entre mayo y agosto, y la secundaria, llamada mitaca o travesía, tiene lugar entre octubre y diciembre. Antes de iniciar la cosecha, los recolectores reciben instrucciones precisas para cosechar únicamente el café completamente maduro, ya que es en ese momento cuando los frutos tienen el contenido de azúcar más alto, componente necesario para los procesos de fermentación. Para determinar cuándo las cerezas están maduras, se emplean dos métodos, el primero se basa en el color de la cereza, y el segundo implica la medición de los grados Brix a través de un refractómetro, el cual indica la cantidad de sólidos disueltos en un líquido, siendo el elemento más común la sacarosa; es por eso que se puede determinar la cantidad de azúcar a través de los grados Brix. En el caso del Sidra, las cerezas maduras se caracterizan por tener un color rojo escarlata y presentar un nivel superior a los 18°Las cerezas recolectadas se sumergen en agua, permitiendo a las cerezas menos densas, con posibles defectos o daños por la broca, floten, facilitando su identificación y extracción. Luego, en una mesa de acero inoxidable, los trabajadores retiran las cerezas que no están completamente maduras o que muestran algún daño físico.
Una vez terminado el proceso de limpieza y selección, las cerezas son depositadas en bolsas Grainpro dentro de canecas de plástico que son selladas herméticamente. Durante la temporada de cosecha, los árboles de café son cosechados cada 20 días; este ciclo de recolección permite identificar y recolectar las cerezas maduras en el momento adecuado, asegurando la calidad y la excelencia del café producido.